一、90例志贺氏菌属感染者病原菌分类及药敏分析（论文文献综述）
刘智慧[1]（2021）在《多黏菌素耐药基因mcr-1的流行病学调查及不同药敏试验的方法学比较》文中进行了进一步梳理目的:1.调查福建医科大学附属第一医院2017年～2020年临床分离的1598株肠杆菌科细菌中mcr-1基因的携带情况,进而研究mcr-1阳性菌株的流行特征及耐药谱,为临床预防和控制质粒介导的多黏菌素耐药基因mcr-1的传播与流行提供参考依据。2.以微量肉汤稀释法为金标准,评价4种不同药敏试验方法检测肠杆菌科细菌多黏菌素药物敏感性的性能,为实验室选择可常规开展的药敏试验方法及指导临床合理用药提供参考。方法:1.聚合酶链反应（Polymerase chain reaction,PCR）法筛查2017年3月～2020年11月临床分离的非重复1598株肠杆菌科细菌中mcr-1基因阳性率。mcr-1阳性菌株分别以PCR法筛查碳青霉烯类耐药基因;微量肉汤稀释法检测多黏菌素、头孢他啶-阿维巴坦的最低抑菌浓度（Minimal Inhibitory Concentration,MIC）;Vitek-2药敏分析系统检测临床常用抗菌药物的敏感性;脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术进行同源性分析。2.收集本院临床标本分离的88株非重复肠杆菌科细菌,其中6株携带mcr-1基因,分别用黏菌素肉汤纸片洗脱法（colistin broth disk elution,CBDE）、Vitek-2TM药敏分析系统、BD PhoenixTM药敏分析系统、商品化微量肉汤稀释法、标准微量肉汤稀释法（broth microdilution,BMD）检测多黏菌素的MIC值。以BMD为参考,分析不同方法的基本一致性,分类一致性,极重大错误和重大错误;采用kappa一致性检验、配对χ2检验及Spearman秩相关法对4种药敏方法与金标准之间的一致性进行统计分析。结果:1.PCR结果发现本院1598株肠杆菌科细菌（包括735株大肠埃希菌,742株肺炎克雷伯菌,33株阴沟肠杆菌,24株产气肠杆菌,23株弗劳地枸橼酸杆菌及41株其他种属细菌）中仅4株大肠埃希菌携带mcr-1基因,携带率为0.25%（4/1598）;其中大肠埃希菌的mcr-1基因携带率为0.54%（4/735）。4株阳性菌株对多黏菌素B及黏菌素均耐药,MIC值在4～8μg/ml之间;对青霉素类,第三、四代头孢菌素类,单环类,喹诺酮类,磺胺类,四环素类抗生素耐药率较高,而对碳青霉烯类,氨基糖苷类和头孢哌酮/舒巴坦较为敏感,对替加环素均敏感。4株mcr-1阳性大肠埃希菌中仅1株携带NDM型碳青霉烯类耐药基因;该株细菌对头孢他啶-阿维巴坦耐药,余3株敏感。脉冲场凝胶电泳结果显示4株mcr-1阳性大肠埃希菌之间同源性较低。2.BMD结果发现88株肠杆菌科细菌中有7株（包括5株大肠埃希菌及2株肺炎克雷伯菌）对多黏菌素耐药,81株敏感;耐药菌株的MIC值在4～16μg/ml之间。与BMD相比,CBDE、Vitek-2TM药敏分析系统、BD PhoenixTM药敏分析系统、商品化微量肉汤稀释法的基本一致性分别为94.32%（83/88）、92.05%（81/88）、90.90%（80/88）和96.59%（85/88）,分类一致性均为100%（88/88）,未出现极重大错误和重大错误。4种药敏方法与金标准之间的一致性较好（kappa值均为1,p均<0.001,Mc Nemer检验p均为1,Spearman系数r均>0.5,p均<0.05）。结论:1.本院1598株肠杆菌科细菌中mcr-1基因携带率为0.25%,其中大肠埃希菌的mcr-1基因阳性率为0.54%,均处于较低水平。4株mcr-1阳性菌株不仅对多黏菌素耐药,而且同时对临床多种常见抗菌药物耐药,为多重耐药菌;经PCR筛查发现其中1株同时携带NDM型碳青霉烯类耐药基因。PFGE结果显示4株mcr-1阳性大肠埃希菌之间不存在同源性,不存在克隆传播,为散发流行。2.多黏菌素4种药敏方法在本实验室均达到了临床和实验室标准协会（Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI）及欧洲抗菌药物敏感性试验委员会（European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing,EUCAST）联合推荐的性能标准,其中商品化微量肉汤稀释法、CBDE检测性能表现最佳,目前可应用于本院临床微生物实验室日常工作中。
钱军[2]（2021）在《吴忠地区奶牛乳房炎流行病学调查及干奶期乳头封闭剂应用研究》文中指出奶牛乳房炎主要是由多种非特定病原微生物感染乳房引起的一种疾病。其主要造成奶牛乳腺组织损失,改变乳汁品质,降低产奶量,治疗费用增加,对奶业生产造成重大的经济损失。在实际生产中抗生素的大量使用及耐药菌株出现等问题,对该病的防控带来了挑战。因此,如何更好的预防奶牛乳房炎就显得格外重要。本研究调查了吴忠地区4个不同规模化牧场临床型奶牛乳房炎的发病情况、通过PCR鉴定调查临床型奶牛乳房炎主要病原菌的流行情况。同时在干奶期,将乳头封闭剂和抗生素联合使用,探讨其预防产后奶牛乳房炎的效果。首先,本研究通过调查吴忠地区4个不同规模化牧场,奶牛的临床型乳房炎发病情况,并分析该地区临床型奶牛乳房炎主要发病原因和发病规律。结果显示:吴忠地区临床型奶牛乳房炎的平均发病率为1.87%。在12月、1月和2月乳房炎发病率较高,1月份发病率最高,5月发病率最低。冬季发病率最高,为2.55%,春季发病率最低,为1.42%,说明奶牛乳房炎的发病与月份和季节有关。不同胎次奶牛乳房炎的发病随胎次先升高后降低,其中5胎次乳房炎发病的占比最高,为21.79%。左后和右后乳区发病率高于前方乳区的发病率,主要是后方乳区接触污染物的机会多,感染几率高。患病牛中在泌乳期90-150天时发病的占比最高,为22.95%。其次,本研究调查了吴忠地区临床型奶牛乳房炎乳样中的主要病原菌。从该地区4个牧场中共采集96份乳样,通过PCR对病原菌进行分离鉴定。结果显示:此次共分离出20个属,42种,147株病原菌,葡萄球菌属、埃希氏菌属、链球菌属、肠球菌属、乌拉尔菌属、假单胞菌属、克雷伯氏菌属等属的细菌分离率较高。其中主要病原菌金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、无乳链球菌的检出率最高,分离率分别为13.61%、11.56%、8.84%,表明金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和无乳链球菌是吴忠地区最常见的病原菌。最后,为进一步研究干奶期使用乳头封闭剂预防产后乳房炎的效果,本研究通过检测干奶前和产后30天奶牛乳汁中的体细胞数,判断乳头封闭剂预防产后乳房炎的效果,以便为牧场预防乳房炎提供参考。结果显示:在干奶期,乳头封闭剂结合抗生素和单独使用抗生素相比较,使用乳头封闭剂能降低产后不同乳区的体细胞数,使用乳头内封闭剂和抗生素干奶疗法干奶后30天牛群的体细胞数降低了 71.76%,而只使用干奶疗法的牛群体细胞数则增加了 16.93%。试验表明,干奶期使用乳头封闭剂能降低产后奶牛的体细胞数,预防奶牛乳房炎的发生。综上所述,吴忠地区临床型奶牛乳房炎的流行与月份、季节、胎次、乳区和泌乳阶段存在密切的联系。引起吴忠地区临床型奶牛乳房炎病原微生物主要以金黄色葡萄球菌、无乳链球菌、大肠杆菌等为主。通过在干奶期使用乳头奶封闭剂结合抗生素干奶疗法,能显着降低产后30天乳汁中的体细胞数,预防乳房炎的发生。
李常挺[3]（2020）在《广西肉牛新发再发疫病的诊断和病原分析》文中研究说明近年来广西肉牛产业呈现快速发展的良好态势,随着牛只存栏数量的增长和饲养密度的增大,疫病发生的风险也越来越大。为了了解并掌握广西肉牛的疫病流行与发生情况,发现新的疫病以及过去曾严重流行得到控制、现在又重新危害养牛业的再发疫病,2018-2019年在广西肉牛肉羊创新团队疫病控制专家团队带领下,通过临床接诊、现场采样、病理剖检和类症鉴别方法,结合实验室诊断,发现了4种可能危害产业发展的重要疫病病原,现将结果报告如下:1、牛丘疹性口炎病毒。发病犊牛体温正常、表现流涎、口腔糜烂,无异物接触和口腔损伤史。刮取病牛齿龈糜烂充血增生物和痂皮病料,PCR检测口蹄疫病毒、病毒性腹泻/黏膜病病毒、牛传染性鼻气管炎病毒和牛流行热病毒均为阴性;该病料样品扩增出91 bp的条带,测序结果与Gen Bank的牛丘疹性口炎病毒基因序列比对,其核苷酸同源性为95.56%,表明样品含有牛丘疹性口炎病毒,结合发病犊牛的临床特征性症状,可以确定该犊牛感染牛丘疹性口炎病毒而引起发病。2、牛乳头瘤病毒。病牛的特征性临床症状主要是在头部、颈部和背部皮肤出现明显的瘤状物,突出于皮肤表面,大小不一,椰菜花样,最大的瘤状物直径可达8 cm,精神、食欲、体温等均无异常。瘤状物压片镜检未发现寄生虫,涂片染色镜检也未见细菌。瘤状物制作的病理组织切片观察可见表皮和真皮增生、癌细胞呈梭形或星形,癌巢中心细胞角化过度,呈同心圆状结构,形成典型的癌珠。PCR检测瘤状物病料为牛乳头瘤病毒阳性。设计5对引物扩增病毒全基因组,胶回收PCR产物,克隆,筛选阳性质粒送测序。采用生物学软件MEGA对获得的全基因组序列进行分析,发现其与牛乳头瘤病毒-1型处在同一分支。3、牛源志贺氏菌。某牛场突发一起高热不退、呼吸急促、腹泻拉血便的急性病例,病牛死亡前表现前后脚划动、似游泳的神经症状。从病死牛的肠道中分离获得1株革兰氏阴性杆菌,经表型特征、16Sr RNA基因序列比对和生化试验,鉴定是志贺氏菌。以0.5麦氏比浊菌浓度进行小鼠致病力试验,接种细菌的10只健康小鼠24 h内全部死亡,死亡率100%。体外抑菌试验结果表明,头孢噻肟钠、头孢曲松钠和环丙沙星对该菌有作用,临床联合应用头孢曲松钠和环丙沙星,有效减少牛只的急性死亡。4、A型产气荚膜梭菌。2019年4-10月,广西百色、合浦、河池、北海、南宁等地出现牛突发的急性猝死病例,现场病理剖检可见死亡牛腹部明显膨胀,十二指肠和空肠出血,肠系膜淋巴结充血肿大,肺出血。从上述5个病例的肠粘膜内容物中均分离获得革兰氏阳性粗大杆菌,经表型特征、生化试验和产气荚膜梭菌特异性引物PCR鉴定,该菌为A型产气荚膜梭菌;其他脏器均未分离出细菌。接种分离菌的10只健康小鼠36 h全部死亡,死亡率100%。体外抑菌试验结果表明,分离菌对青霉素、头孢噻肟钠、头孢拉定钠、头孢曲松钠和氨苄西林5种药物敏感。结论:通过对4类病例的病原检测,结合资料查新,可以确定牛丘疹性口炎病毒、牛乳头瘤病毒、牛源志贺氏菌为广西肉牛新发疫病的病原。A型产气荚膜梭菌为广西肉牛再发疫病的病原。这4种新发再发病原对广西肉牛养殖具有一定潜在的威胁,下一步的工作重点将对病原学开展深入研究和研发新型快捷检测技术,为广西肉牛疫病防控提供技术支撑。
耿慧君[4]（2020）在《金葡菌噬菌体的筛选及对小鼠乳腺炎的抑制作用与机理研究》文中提出奶牛乳腺炎是奶牛养殖业中危害最大、最常见的疾病。金黄色葡萄球菌（金葡菌）是其最重要的一种致病菌,据报道,超过25%的临床型奶牛乳腺炎由金葡菌引起。而抗生素的大量使用,会导致细菌耐药性和超级细菌的产生,对生态环境的平衡也会造成极大危害。噬菌体是一种结构简单、广泛存在、高效安全的生物抗菌剂,具有高特异性、高裂解子代数及高环境丰度等优点。迄今为止,关于噬菌体治疗金葡菌性乳腺炎的研究较多,但对于其实际应用的生物安全性机制,以及对肠道微生态的副作用等尚未见报道。本研究将噬菌体全基因组测序与小鼠转录组分析相结合,评估了噬菌体作用于金葡菌性乳腺炎的安全性;将肠道菌群微生态与炎性因子分析相结合,探讨了噬菌体有效抑制金葡菌性乳腺炎的作用机制。旨在为噬菌体疗法在该领域的应用提供理论基础与实践依据。具体研究内容和结果如下:（1）筛选得到一株高致病性、多重耐药的金葡菌,以其为宿主菌分离获得两株裂解性能良好、广谱性的噬菌体,并检测了相关理化性质与生物学特性。从55份患有临床型乳腺炎的病牛奶样中分离得到34株病原菌,其中金葡菌6株（17.65%）。因金葡菌Sau-XJ-21呈现最多的抗生素耐药性与较高的致病性（半数致死量LD50为1.26×106 CFU/mL）,则以其为宿主菌,筛选获得两株裂解性噬菌体vBSM-A1和vBSP-A2。利用双层平板法、CsCl密度梯度离心法、透射电子显微镜（TEM）、点板法（spot-test）、一步生长曲线构建、pH值及温度稳定性检测和体外抑菌实验等,检测了噬菌体的形态特征、宿主谱、理化性质及对病原菌的体外抑制作用,结果表明,两株噬菌体均隶属于有尾目噬菌体,亥瑞勒噬菌体科;具有广谱性,能够裂解不同来源（牛源、人源）不同区域（新疆、浙江和大连）的金葡菌;单一噬菌体及噬菌体cocktail（体积1:1）均能有效抑制金葡菌Sau-XJ-21生长。（2）对两株噬菌体vBSM-A1和vBSP-A2进行全基因组测序与注释,阐明二者均不含毒力基因、溶源基因及毒力转座子等,不存在基因水平转移风险,具有应用安全性。利用Illumina Genome Analyzer测序技术对两株噬菌体进行全基因组测序;选择GeneMarkS、CGView、tRNAscan-SE、Cluster X 和 MEGA 7.0 等生物信息学软件和程序,对两株噬菌体进行全基因组分析、功能基因注释、tRNA形态结构预测与分类学地位分析;运用 ExPASy、TCDB、PortScale、Signal 5.0、Phyre2和Swiss-Model等生物信息学程序,对噬菌体裂解酶Lys-vBSM-A1进行一级结构分析、理化性质鉴定、功能区域预测（疏水性、跨膜区域和信号肽）、二级结构预测与结构域3-D模型构建,结果显示噬菌体vBSM-A1和噬菌体vBSP-A2均为双链线性DNA,vBSM-A1/vBSP-A2基因组全长140,654/136,528 bp,GC含量为30.33%/30.45%,预测出70/77个具有实际功能的基因和4/3个tRNA编码基因;两株噬菌体Genebank ID分别为MK584893和MK656892;二者均含有同一个序列保守的裂解酶基因Lys-vBSM-A1,其大小为267aa,其表达蛋白含两个典型的活性域,位于N端的c4olkB结构域和位于C端的c4olsA结构域。（3）评估了噬菌体混合制剂对金葡菌性小鼠乳腺炎的治疗作用;阐明了其对小鼠肠道微生态的调节与改善;考察了噬菌体经小鼠乳腺灌注的安全性影响,分析了小鼠转录组表达变化与潜在作用机制。利用金葡菌Sau-XJ-21成功构建了小鼠乳腺炎模型,评估并确定3×104 CFU/25 μL为最佳攻菌浓度。探究了噬菌体cocktail对金葡菌性小鼠乳腺炎的治疗,使用Beckman Coulter DxH8000血液分析仪、点板法（spot-test）、ELISA酶联免疫吸附测定、H&E组织切片染色等仪器与方法,检测了各实验组小鼠的血液样本参数、CFU和PFU负荷、炎症因子TNF-α和IL-1β指标与小鼠乳腺组织病理学形态,结果显示噬菌体cocktail在小鼠乳腺内能有效减轻金葡菌Sau-XJ-21造成的炎症症状;小鼠肠道菌群分析结果显示,头孢噻呋钠会破坏小鼠肠道内原有的优势菌株,降低菌群丰度;而噬菌体混合制剂治疗组,能够有效改善乳腺炎导致的肠道菌群紊乱,调节肠道微生态平衡。运用Illumina HiSeq测序技术进行小鼠转录组测序,对差异表达基因GO分类与KEGG富集分析,发现相较于PBS对照组,噬菌体灌注组在一些与炎症相关的基因（如细胞凋亡、细胞聚集及抗氧化活性等）表达中,存在较明显的差异表达;同时在与炎症因子相关的一些通路（如TNF信号通路以及NF-κB信号通路等）中显示出显着富集,提示了噬菌体在小鼠体内会引发一些相关的免疫反应和炎症应答。综合小鼠形态学观察、乳腺组织病理学切片分析、炎症因子TNF-α检测,以及噬菌体负荷检测等结果,揭示了噬菌体灌注形成的炎症特征轻微,对小鼠正常生命体征无碍。综上,本论文以致病性金葡菌为目标菌株,分离获得两株裂解性噬菌体;研究了施用噬菌体混合制剂治疗小鼠金葡菌性乳腺炎的有效性;揭示了该噬菌体混合制剂在调节小鼠肠道菌群丰度、改善肠道微生态平衡中,相较于抗生素的优越性;从全基因组、转录组、炎症因子、小鼠表观状态及乳腺噬菌体负荷等角度,初步阐明了噬菌体混合制剂的应用安全性。因此,该噬菌体混合制剂是一种能够在体外和体内均有效抑制金葡菌生长的生物安全制剂,具有较高的应用前景和可行性。
陈伟[5]（2020）在《三种跳虫肠道菌群的多样性分析及其功能研究》文中研究表明跳虫是一类原生无翅的内口式低等微小型六足总纲节肢动物,种类繁多且分布广泛。它们主要取食土壤中的枯枝落叶、腐殖质、细菌和真菌等,而对这些有机物的分解与利用需要肠道内复杂微生物的协助来完成。为了探究跳虫肠道菌群的多样性及其相关功能,本研究以裸（拟裸）长角跳属成员Sinella（Coecobrya）oligoseta、原等跳属成员Proisotoma minuta和鳞跳属成员Tomocerus missus为供试跳虫,采用16S r DNA扩增子测序法对这3种跳虫成虫的肠道菌群进行分析和比较,并应用Tax4Fun法对其肠道菌群基因进行功能预测。同时,使用传统分离培养法获得可培养跳虫肠道菌,从中筛选能降解可溶性淀粉、羧甲基纤维素钠和果胶的细菌,初步评估其产酶能力,并进行菌种分子鉴定;从中筛选动物肠道常见致病菌气单胞菌,进行多位点序列分型分析、毒力基因及药敏性检测。研究结果发现这3种跳虫成虫中肠道菌群多样性最高的是T.missus,最低的是S.（C.）oligoseta。在门水平上,它们肠道中最主要的菌群均为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,放线菌门（Actinobacteria）也具有较高的丰度;在属水平上,S.（C.）oligoseta肠道中假单胞菌属Pseudomonas的相对丰度（16.21%）明显高于P.minuta和T.missus肠道中的相对丰度（分别为0.87%和1.37%）;P.minuta肠道中弧菌属Vibrio的相对丰度（25.81%）明显高于S.（C.）oligoseta和T.missus肠道中的相对丰度（分别为3.35%和0.004%）。KEGG pathway注释预测出这3种跳虫肠道菌群中相对丰度最高的功能基因涉及碳水化合物与氨基酸代谢,且与人类疾病相关的功能基因中涉及传染性疾病和耐药性的基因相对丰度明显较高。从这3种跳虫肠道内分离得到的106株细菌中有47株可以降解多糖的细菌,其中包括37株产淀粉酶细菌,主要是微杆菌属Microbacterium和芽孢杆菌属Bacillus的一些种类;16株产纤维素酶细菌,主要是纤维菌属Cellulosimicrobium和芽孢杆菌属Bacillus的一些种类;以及3株芽孢杆菌属Bacillus和类芽孢杆菌属Paenibacillus的产果胶酶细菌。菌株Tm-L4同时具有产淀粉酶、纤维素酶和果胶酶活性,经16S r DNA序列比对,发现该菌株与解淀粉类芽孢杆菌Paenibacillus amylolyticus有99.79%的序列相似性。另外,从S.（C.）oligoseta和P.minuta肠道菌中分离得到3株豚鼠气单胞菌Aeromonas caviae,对豚鼠气单胞菌管家基因进行多位点序列分型,结果显示属于新的序列型ST653,对应的等位基因型为gyr B456、gro L438、glt A465、met G462、pps A503和rec A499。对豚鼠气单胞菌基因组中毒力基因PCR扩增后发现,脂肪酶基因lip、弹性蛋白酶基因ela、热敏感细胞肠毒素基因alt、溶血素基因hly A和鞭毛基因fla为阳性。抗生素药敏试验显示豚鼠气单胞菌对氨苄西林、氨苄西林-舒巴坦、四环素和萘啶酮酸均表现为耐药,而对阿奇霉素、氯霉素、阿米卡星等12种抗生素表现为敏感。从上述结果可知,S.（C.）oligoseta,P.minuta和T.missus这3种跳虫成虫肠道菌群在门水平上的核心菌群相同,而在属水平上的优势菌属存在较大的差异,其中跳虫的物种遗传背景及栖息地环境中微生物种类和数量可能是影响其肠道菌群多样性的重要因素;3种跳虫肠道内大多数细菌与能量代谢及营养作用相关,这有利于它们发挥土壤生态系统中分解者的作用,而且所筛选的产酶能力较高可降解淀粉、纤维素和果胶的菌株有望被进一步研制成益生菌、饲料添加剂或酶工程菌,在食品、养殖及酶产业中发挥价值;3种跳虫肠道中可能还存在具有致病性或抗生素耐药性的微生物,已分离得到的新型豚鼠气单胞菌的毒力基因与药敏性试验结果揭示了该菌的潜在致病性及其对抗生素的耐药或敏感性,为跳虫源豚鼠气单胞菌可能引发相关疾病的预防及抗生素使用提供了理论依据。
王素侠[6]（2020）在《南京市某区细菌性腹泻现况调查及其影响因素研究》文中认为研究目的1.主要了解南京市某区细菌性腹泻的流行病学特征、潜在的危险因素以及病原菌分布特征,从而为该地区的细菌性腹泻防控提供参考依据。2.主要了解南京市某区细菌性食源性疾病暴发事件的流行病学特征、潜在的危险因素以及病原菌分布特征,从而为该地区的细菌性食源性疾病暴发事件的防控提供参考依据。研究方法1.主要采用疾病监测和现场调查方法。以2016年11月-2019年9月本辖区内哨点医院腹泻门诊、急诊发生急性感染性腹泻的病例为研究对象,进行流行病学调查和实验室检测,采用K-B（纸片扩散）法对检出病原菌进行12种常见抗生素药敏分析。对2018-2019年南京市某区食源性疾病暴发事件开展现场流行病学调查、实验室检测,分析暴发事件的发病情况及其影响因素,进行食源性疾病事件多因素分析时,设同次事件中未发病人群作为健康对照。2.利用SPSS 22.0软件建立数据库并进行统计分析。计量资料采用均值和标准差描述,计数资料采用频数和百分比描述。组间比较采用t检验、方差分析或卡方检验,否则采用非参数检验。对病例进行年龄、性别、临床症状、发病时间、就餐场所等变量的单因素分析;单因素有统计学意义的变量纳入多因素分析,以是否检出病菌为因变量进行非条件logistic回归分析。P<0.05有统计学意义。研究结果1.共纳入705例患者,男女性别比为1.27:1,平均年龄42.39±18.65岁。采集样本705份,患者检出阳性147人（20.85%）,分离菌株154株（21.84%）。分离到的154株病原菌中,居前三位的病原菌分别是副溶血性弧菌（38.96%）、沙门氏菌（26.62%）、致泻性大肠埃希菌（11.69%）。其中,副溶血性弧菌和沙门氏菌分布多个血清群,副溶血性弧菌以O:3群最多（25%）;沙门氏菌以D群韦太夫雷登最多检出10株（24.39%）。病原菌的检出以夏季最多68株（44.16%）。分离到的6种主要肠道致病菌（副溶血性弧菌、沙门氏菌、致泻性大肠埃希菌、气单胞菌、邻单胞菌、变形杆菌）对美罗培南敏感,对氨苄西林（分别为87.09%,60.90%,88.88%,85.71%,40.00%,76.90%）和复方新诺明（分别为83.33%,24.39%,83.33%,50.00%,20.00%,15.38%）的耐药率较高,副溶血性弧菌和致泻性大肠埃希菌对氨苄西林的耐药性高达87.09%和88.88%,对复方新诺明的耐药性均高达88.88%。气单胞菌对各种抗生素的耐药性明显高于邻单胞菌。细菌性腹泻的单因素分析发现就餐场所、可疑食物、有疾病史是危险因素（P<0.05）。多因素分析发现外出就餐、动物源性食物、有疾病史的人更容易再次出现感染性腹泻。2.共收集某区暴发27起食源性疾病事件。共发病178人,无死亡病例。检出细菌的事件为23起,事件细菌检出率为85.18%（23/27）。2018年和2019年的发病罹患率分别为6.14%（94/1530）和5.99%（84/1402）。食源性疾病暴发事件主要集中在8月份（13起）。发病人群主要集中在16～30岁组和31～45岁组（均占比28.65%）。食源性疾病暴发的餐次主要集中在晚餐,晚餐事件数占比77.78%。发生场所主要在餐饮饭店、工地食堂,分别发生12起和10起,发病人数分别为70人和56人,各占39.33%和31.46%。危险食品以高发季节的动物源的海产品、肉类、蛋与蛋制品为主,发病人数114人,占64.04%。食源性疾病暴发事件的单因素分析,发现年龄、月份、就餐场所、可疑食物、动物源食物、餐次是危险因素（P<0.05）;多因素分析发现暴发事件的主要影响因素为儿童和老人、外出就餐和晚餐（P<0.05）。暴发事件检出的主要病原菌为副溶血性弧菌（45.16%）、沙门氏菌（32.26%）和致泻性大肠埃希菌（14.52%）。以是否检测出细菌为因变量（未检出病例为对照）,单因素和多因素分析发现动物源性食物和职业员工是影响因素（P<0.05）,以是否检测出细菌为因变量（健康对照）,单因素和多因素分析发现儿童和老人、外出就餐为影响因素因素（P<0.05）。研究结论无论是常规监测还是暴发事件的细菌腹泻,主要以副溶血性弧菌、沙门氏菌和致泻性大肠埃希菌为主,呈现出明显的季节性和耐药性。餐饮饭店、动物源性食物、特定职业是细菌性腹泻的主要危险因素。因此,应针对食源性疾病暴发事件的流行病学特征分布,采取相应的措施加以预防控制。
杨子龙[7]（2019）在《影响冀南地区肉鸡健雏率的细菌性因素分析》文中提出鸡在胚胎期和刚出壳时期抵抗力较弱,容易受到病原微生物的侵袭,导致胚胎发病或死亡,孵化率下降,影响健雏率,使弱雏鸡增多,对孵化场或养殖场经济效益造成损失。因此,对出壳雏鸡主要病原菌种类进行调查和分析,筛选有效治疗药物,对健雏率的提高和雏鸡胚胎病的防治具有重要的意义。为调查病、弱肉雏鸡感染的主要病原菌种类,采集118只刚出壳病、弱父母代肉雏鸡,进行大体和显微病理观察,从肝脏中分离细菌,观察菌落菌体形态,提取菌株DNA,进行16S rDNA基因扩增并进行序列测定,通过结果序列比对结合菌落菌体形态对分离株进行鉴定。结果显示,病、弱肉雏鸡腹围较大,卵黄吸收不良,肝脏土黄色;显微镜下肝脏组织充满空泡,窦状隙充满红细胞。共分离菌株58株,11种菌,分离率为49.15%（58/118）。其中,大肠杆菌分离率为19.49%（23/118）,粪肠球菌分离率为16.10%（19/118）,志贺氏菌为2.54%（3/118）,阴沟肠杆菌为2.54%（3/118）,肺炎克雷伯菌为2.54%（3/118）,奇异变形杆菌为1.69%（2/118）,假单胞菌属为0.85%（1/118）,不动杆菌属为0.85%（1/118）,库克氏菌为0.85%（1/118）,肠道沙门氏菌为0.85%（1/118）,纳西杆菌为0.85%（1/118）。这些提示刚出壳病、弱肉雏鸡感染细菌种类较多,优势菌为大肠杆菌和粪肠球菌。对19株分离粪肠球菌进行耐药性分析。K-B纸片法药敏试验结果显示,分离株对林可霉素（LIN）、氨苄西林（AM）、头孢噻肟（CTX）、多粘菌素（CL）耐药率为100%,对链霉素（S）、四环素（TE）耐药率为94.74%,对强力霉素（DO）耐药率为84.21%,对大观霉素（SPT）、阿奇霉素（AZM）耐药率为73.68%,对庆大霉素（CN）、新霉素（N）、红霉素（E）耐药率为68.42%,对卡那霉素（K）耐药率为63.16%,对氧氟沙星（OFX）耐药率为52.63%,对恩诺沙星（ENR）耐药率为47.37%,对左氧氟沙星（LEV）耐药率为42.11%,对青霉素（P）耐药率为36.84%,对万古霉素（VA）耐药率为5.26%。进一步对分离株进行最小抑制浓度（MIC）的测定,结果显示四环素MIC50大于256μg/mL,MIC90大于256μg/mL,耐药率为94.74%;链霉素MIC50大于2048μg/mL,MIC90大于2048μg/mL,耐药率为84.21%;红霉素MIC50大于256μg/mL,MIC90大于256μg/mL,耐药率为84.21%;氧氟沙星MIC50为64μg/mL,MIC90大于128μg/mL,耐药率为52.36%;万古霉素MIC50为2μg/mL,MIC90为4μg/mL,耐药率为0%。结果说明分离的粪肠球菌对多种药物耐药性和多重耐药性,提示在治疗粪肠球菌感染时,应选择敏感药物。对19株粪肠球菌进行耐药基因检测,结果显示基因AAC（6ˊ）-APH（2"）检出11株,检出率为57.89%,与耐药表型相符率为84.62%。基因APH（3ˊ）-Ⅲ检出11株,检出率为57.89%,与耐药表型相符率为91.67%。基因ANT（6ˊ）-Ⅰ检出10株,检出率为52.63%,与耐药表型相符率为55.56%。基因ermB检出13株,检出率为68.42%,与耐药表型相符率为100%。基因tetM检出18株,检出率为94.74%,与耐药表型相符率为100%。基因TEM、mefA、vanA、vanB未检出。可以看出粪肠球菌耐药基因与其耐药性基本一致,耐药性与携带耐药基因有关。
耿露露[8]（2019）在《绝经泌尿生殖综合征与阴道微生态研究》文中提出目的:通过对围绝经期与绝经后期女性泌尿生殖道症状及阴道微生态的调查,了解GSM患病特点,探讨不同绝经状态女性阴道微生物的分布特征以及替勃龙对GSM与阴道微生物的影响。方法:选择2015年12月至2018年12月于上海交通大学附属第六人民医院参加健康体检或就诊于更年期门诊的围绝经期与绝经后期女性为研究对象,调查其一般人口学特征及泌尿生殖道症状,留取阴道分泌物经16S测序分析阴道微生物的结构与功能。结果:GSM的患病率为30.8%,其中性欲下降患病率最高,外阴阴道症状次之,下泌尿道症状最低,且均以轻度为主;已绝经（P=0.007;OR,1.523）、流产次数≥2次（P=0.035;OR,1.419）、BMI≥30 kg/m2（P=0.032;OR,1.914）及患有糖尿病（P=0.041;OR,1.938）是GSM的危险因素。阴道微生物被聚类为四类群落类型,在围绝经期与绝经后早期具有相似地分布,但绝经后晚期群落类型分布发生改变（P<0.01）:乳酸杆菌属丰度降低以及多种条件致病菌属丰度增高,代谢功能显着活跃。经替勃龙治疗一年的女性,GSM（P<0.01）及阴道萎缩状况（P<0.001）得到改善,阴道微生物多样性降低并以乳酸杆菌属为标志微生物,且涉及DNA复制与修复等功能。结论:绝经年限与GSM患病率增高相关,且阴道微生态也发生变化,替勃龙治疗可以改善中老年女性泌尿生殖道健康状况,尤其对处于较早绝经阶段的女性应及时给予有效干预。
赵艳婷[9]（2018）在《淡水虾养殖环境中生物污染物的分布特征及其关联性研究》文中提出近年来随着我国水产养殖业的迅猛发展,水产养殖污染加剧,造成养殖环境质量不断恶化,引起人们广泛的关注。抗生素在水产养殖中具有不可替代的作用,但长期、大量地滥用抗生素会诱导水产动物体内的微生物携带耐药基因（ARGs）,耐药基因通过不同途径进入到养殖环境及其周围的环境中,不仅会造成潜在的基因污染,而且还会通过可移动遗传元件如质粒、转座子、整合子等的水平迁移作用进入其他微生物中,从而在环境、动物与人类之间相互传播,最终可能会对人类的健康构成潜在的风险。本研究选取江苏省内六个不同地点的淡水虾养殖场,通过采集青虾、养殖水、底泥三种样品,运用16S rRNA扩增子测序和宏基因组测序技术、并结合生物信息学和生物统计学分析方法,系统、全面地分析青虾肠道、养殖水和底泥三种不同样品中的微生物群落结构分布特征。并以微生物群落结构的数据为基础,进一步解析了青虾肠道及其养殖环境中耐药基因的多样性和丰度;耐药基因与微生物群落结构、可移动遗传元件的相关性;耐药基因与抗生素和环境因子（TN、TP、TOC、DO、T、pH）的相关性;同时,分析了潜在致病菌的丰度和多样性,三种不同样品中潜在致病菌的差异,潜在致病菌与环境因子的相关性以及耐药基因与潜在致病菌的同现性。主要的研究结果如下:（1）16S rRNA基因测序数据表明,变形菌门（89.68%±1.21%）是青虾肠道中的优势菌,其次是厚壁菌门和拟杆菌门,丰度最高的OTU被注释为Dongia。将57个微生物属（在40个不同样品中的比例为38.00～99.48%）定义为青虾肠道的主要菌群。研究结果还表明三种环境因子:水温T（p=0.004）、总磷TP（p=0.010）和溶解氧DO（p=0.007）与微生物群落结构变化显着相关。（2）在青虾肠道、养殖水和底泥样品中分别检测到60个、102个和67个耐药基因,主要的耐药类型是多重耐药基因和杆菌肽类,外排泵和目标修饰类是主要的耐药机理。与耐药基因库进行相似度的比较,发现青虾肠道中的耐药基因序列与基因库的平均相似度为54.89%,高于底泥和养殖水的相似度。气单胞菌属、耶尔森氏菌属和梭状芽胞杆菌与耐药基因的分布有显着相关性（p<0.05）;耐药基因的相对丰度与质粒（R2=0.8852）、整合子（R2=0.8763）和插入序列（R2=0.8907）显着正相关。磺胺嘧啶和甲基苄氧嘧啶抗生素与多重耐药基因、氨基糖苷类、β-内酰胺、氯霉素和多药耐药基因呈正相关关系;四环素类抗生素（土霉素和金霉素）与多重耐药基因（mexF、mexW和acrB）之间也存在显着正相关关系。（3）通过16S rRNA扩增子测序数据与人类致病菌16S rRNA基因库的比对结果表明,青虾肠道、养殖水和底泥中共检测出35个潜在致病菌属、59个潜在致病菌种。养殖水中潜在致病菌的丰度（0.07～9.00%）高于青虾肠道和底泥。三种样品中都普遍存在气单胞菌属,丰度占总致病菌的比例为0.76～99.20%。青虾肠道与养殖水中的潜在致病菌有更高的相似度。探索青虾肠道及其养殖环境中主要的潜在致病菌和环境因子的相关性表明,水温、总磷和溶解氧与潜在致病菌的分布显着相关。Network分析显示了大量的潜在致病菌携带多种耐药基因。综上所述,本研究系统地揭示了青虾肠道及其养殖环境中（养殖水和底泥）中微生物群落结构分布特征,深入解析了三种不同样品中耐药基因、致病菌的多样性及丰度的变化特征及其相关关系,阐述了青虾肠道及其养殖环境中生物污染物可能产生的环境健康风险,为青虾养殖环境中致病菌和耐药基因的风险评估以及污染防控提供了科学的理论依据。
涂志刚[10]（2017）在《海南后水湾深水网箱养殖区微生物多样性及其养殖卵形鲳鲹“烂身病”研究》文中研究说明卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）是海南省深水网箱养殖的主要品种,细菌性疾病是海南深水网箱养殖的主要疾病,对深水网箱养殖卵形鲳鰺造成了严重危害。本文利用基于宏基因组学16SrRNA基因测序的方法研究分析了海南临高后水湾深水网箱养殖区的微生物群落组成及动态变化;并对该养殖区卵形鲳鰺主要疾病“烂身病”进行了病原分离鉴定和药敏分析等研究;利用第三代测序对该致病菌株进行了基因组测序,并通过比较基因组分析了其相关毒力基因;同时,通过筛选特异性基因,建立了一种该病原的快速检测新方法。主要研究结果如下:（1）利用基于宏基因组学16SrRNA基因测序的方法研究分析了海南临高后水湾水体和患病鱼类样品微生物群落组成,结果显示该区域微生物比较丰富,菌落多样性水平较高,ACE和Chao1丰富度指数平均值分别为1517和1287,Shannon指数和Simpson指数平均值分别为3.78和0.08。（2）于2016年3月、5月、7月份、9月和11月分别对后水湾深水网箱养殖区的养殖网箱内外及非养殖区（对照区）微生物群落结构特征分析,结果表明,虽然调查区域在不同月份的微生物群落丰富度和多样性差异较大,但全年范围内的结果均表现为网箱养殖区的平均Shannon指数（3.9）和平均ACE指数（1564）高于对照区（平均Shannon指数和平均ACE指数分别为3.6和1395）,其中,网箱内弧菌属Vibrio的相对丰度（8.95%）要明显高于网箱外（2.7%）及对照区（1.09%）。（3）对调查区域水体中弧菌属监测结果表明,其相对丰度出现的高峰期为5月和9月（相对丰度分别为9.91%和15.85%）,与深水网箱养殖卵形鲳鰺发病高峰期相吻合;患病卵形鲳鰺肝脏组织中弧菌相对丰度的高峰期出现在5月、9月和11月份（相对丰度分别为34.99%、18.94%和17.94%）,而链球菌属相对丰度的高峰期为7月份（91.44%）,表明5月、9月和11月深水网箱养殖卵形鲳鰺的主要病原为弧菌属,而7月份养殖卵形鲳鰺的主要病原菌链球菌。（4）对深水网箱养殖区细菌群落结构与环境因子NMDS分析显示,温度、总磷、总氮以及COD为影响该区域细菌群落结构的重要环境因子。（5）从海南临高后水湾深水网箱养殖区患“烂身病”卵形鲳鰺的肝脏组织分离到1株优势菌株QT520,经回归感染试验确定其为该疾病的病原菌;对该菌株进行形态学、生理生化特征以及16SrRNA基因序列比对分析,鉴定其为哈维氏弧茵Vibrio haveyi。该菌株对卵形鲳鰺的半致死浓度LD50为2.5×105 CFU/（mL.g）,属于强毒菌株。药敏检测结果显示,该菌株对利福平、庆大霉素和多西环素等12种药物敏感,而对四环素、链霉素和卡那霉素等5种药物耐药。（6）利用第三代测序方法对卵形鲳鰺“烂身病”致病菌株QT520进行基因组测序的结果表明,该菌株基因组含有2条染色体和3个质粒,总大小为6,070,846 bp,GC 含量为 45%,含有 5701 个 ORFs,134 个 tRNA 和 37 个 rRNAs。系统进化树分析结果显示,QT520与哈维氏弧菌ATCC 33843（392[MAV]）和ATCC 43516的亲缘关系最近,进一步说明菌株QT520属于哈维氏弧菌。（7）通过对致病菌株QT520的毒力因子分析和比较基因组分析显示,该菌株既含有 ACF,IIpA,OmpU,Flagellin,Cya,Hemolysin and MARTX 等哈维氏弧菌的常见毒力因子,还包含cyaB,hlyB和rtxA等菌株特有的毒力基因,且cyaB,hlyB和rtxA三个特有毒力基因分布于质粒P1上,表明该菌株的质粒可能与其毒性密切相关。（8）比较基因组分析表明,哈维氏弧菌QT520的分泌系统与ATCC33843（392[MAV]）andATCC43516菌株差异较大。T1SS和T6SS编码基因只存在于QT520 基因组序列中,在 ATCC 33843（392[MAV]）and ATCC 43516 菌株基因组序列中均没有发现;T2SS,T3SS和T4SS在QT520基因组序列中的编码基因数量分别为 28,32 和 21,高于在 ATCC 33843（392[MAV]）and ATCC 43516 基因组中的数量。说明QT520可能还拥有更发达的分泌系统。（9）根据LAMP技术原理,利用分离到的致病菌株QT520的toxR基因序列设计特异性引物和加入SYTO-9特异荧光染料,建立了一种可以实时、快速检测哈维氏弧菌的LAMP法（RT-LAMP）。该方法能有效区分哈维氏弧菌和坎氏弧菌,检测灵敏度为103 CFU/mL或者20 CFU/reaction。总之,通过本文研究,初步掌握了深水网箱养殖区微生物多样性分布情况,探索了微生物多样性与卵形鲳鰺鱼类病害的关系;并对该区域养殖卵形鲳鰺“烂身病”的病原菌开展了鉴定、药敏分析、基因组测定、毒力基因分析以及快速检测等研究工作,了解了鱼类细菌性疾病的发生规律、病原特征、致病机制,为相关疾病的防治提供科学依据和理论支撑,对促进鱼类深水网箱养殖业的可持续健康发展有积极意义。
二、90例志贺氏菌属感染者病原菌分类及药敏分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、90例志贺氏菌属感染者病原菌分类及药敏分析（论文提纲范文）
（1）多黏菌素耐药基因mcr-1的流行病学调查及不同药敏试验的方法学比较（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一部分 多黏菌素耐药基因mcr-1 的流行病学调查 |
| 前言 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 第二部分 肠杆菌科细菌多黏菌素药敏试验的方法学比较 |
| 前言 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 3.结果 |
| 4.讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 多黏菌素耐药基因 mcr-1 的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）吴忠地区奶牛乳房炎流行病学调查及干奶期乳头封闭剂应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 乳房炎发病机理 |
| 1.2 发病原因 |
| 1.3 乳房炎诊断 |
| 1.4 奶牛乳房炎的治疗 |
| 1.5 奶牛乳房炎的预防 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 第二章 吴忠地区临床型奶牛乳房炎流行病学调查 |
| 2.1 调查方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 临床型奶牛乳房炎主要病原菌的分离鉴定 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 干奶期使用乳头封闭剂对产后乳房炎预防效果的研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（3）广西肉牛新发再发疫病的诊断和病原分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 肉牛业的发展概况 |
| 1.2 新发再发疫病的定义 |
| 1.3 肉牛新发再发疫病的研究状况 |
| 1.3.1 牛丘疹性口炎研究进展 |
| 1.3.2 牛乳头瘤研究进展 |
| 1.3.3 志贺氏菌病研究进展 |
| 1.3.4 产气荚膜梭菌病研究进展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 牛丘疹性口炎的诊断和病原分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 主要仪器设备 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 样品来源 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 临床检查与样品采集 |
| 2.2.2 引物合成及PCR扩增 |
| 2.2.3 牛丘疹性口炎病毒基因序列测定及同源性分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 临床检查结果 |
| 2.3.2 PCR扩增结果 |
| 2.3.3 牛丘疹性口炎病毒基因核苷酸序列测定及同源性分析结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 牛乳头瘤的诊断和病原分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 主要仪器设备 |
| 3.1.2 主要试剂 |
| 3.1.3 样品来源 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 病变观察和显微镜检查 |
| 3.2.2 病理组织切片的制作 |
| 3.2.3 PCR扩增 |
| 3.2.4 BPV全基因组测序数据分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 病变观察和显微镜检查结果 |
| 3.3.2 病理组织切片观察结果 |
| 3.3.3 PCR扩增结果 |
| 3.3.4 BPV全基因组测序数据分析结果 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 牛源志贺氏菌的诊断和病原分析 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 主要仪器设备 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 病料来源及试验动物 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 发病情况调查及病理剖检 |
| 4.2.2 细菌分离培养 |
| 4.2.3 细菌16Sr RNA基因扩增及遗传进化分析 |
| 4.2.4 生化试验 |
| 4.2.5 药敏试验 |
| 4.2.6 致病性试验 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 发病情况调查及病理剖检结果 |
| 4.3.2 细菌分离培养结果 |
| 4.3.3 细菌16Sr RNA基因扩增及遗传进化分析结果 |
| 4.3.4 生化试验结果 |
| 4.3.5 药敏试验结果 |
| 4.3.6 致病性试验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 牛产气荚膜梭菌的诊断和病原分析 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 主要仪器设备 |
| 5.1.2 主要试剂 |
| 5.1.3 病料来源及试验动物 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 流行病学调查 |
| 5.2.2 细菌分离培养 |
| 5.2.3 生化试验 |
| 5.2.4 药敏实验 |
| 5.2.5 致病性试验 |
| 5.2.6 病理组织切片的制作 |
| 5.2.7 细菌PCR扩增和产气荚膜梭菌毒素分型鉴定 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 流行病学调查结果 |
| 5.3.2 细菌分离结果 |
| 5.3.3 生化试验结果 |
| 5.3.4 药敏试验结果 |
| 5.3.5 致病性试验结果 |
| 5.3.6 病理切片观察结果 |
| 5.3.7 细菌PCR扩增和产气荚膜梭菌毒素分型鉴定结果 |
| 5.4 讨论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（4）金葡菌噬菌体的筛选及对小鼠乳腺炎的抑制作用与机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 奶牛乳腺炎研究进展 |
| 1.1.1 奶牛乳腺炎的分类与研究现状 |
| 1.1.2 诱发奶牛乳腺炎的原因 |
| 1.1.3 奶牛乳腺炎的产生机制 |
| 1.1.4 金黄色葡萄球菌相关研究 |
| 1.1.5 常见的奶牛乳腺炎治疗方法 |
| 1.2 噬菌体的发现、分类及生物学特性 |
| 1.2.1 噬菌体发展历史与现况 |
| 1.2.2 噬菌体的形态与结构多样性 |
| 1.2.3 有尾噬菌体目的分类 |
| 1.2.4 噬菌体的侵染周期 |
| 1.3 噬菌体疗法及其对奶牛乳腺炎的防控 |
| 1.3.1 噬菌体疗法概述 |
| 1.3.2 噬菌体对金葡菌的治疗 |
| 1.3.3 噬菌体疗法的局限性 |
| 1.4 本论文的选题依据和研究内容 |
| 2 奶牛乳腺炎致病菌及其噬菌体的分离纯化与生物学特征 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料和设备 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 实验仪器与设备 |
| 2.2.4 培养基和实验试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 奶样的采集 |
| 2.3.2 病原菌的分离纯化 |
| 2.3.3 细菌的生理生化鉴定 |
| 2.3.4 分离株的药敏分析 |
| 2.3.5 分子生物学鉴定 |
| 2.3.6 半数致死量(LD_(50))试验 |
| 2.3.7 噬菌体的分离及纯化 |
| 2.3.8 噬菌体的效价检测 |
| 2.3.9 噬菌体的最佳感染复数测定 |
| 2.3.10 噬菌体的扩增与培养 |
| 2.3.11 噬菌体颗粒的提纯与去杂质 |
| 2.3.12 噬菌体透射电镜观察 |
| 2.3.13 噬菌体宿主谱的测定 |
| 2.3.14 氯仿敏感性测试 |
| 2.3.15 噬菌体温度稳定性测定 |
| 2.3.16 噬菌体pH值稳定性测定 |
| 2.3.17 噬菌体一步生长曲线 |
| 2.3.18 噬菌体对金葡菌生长的影响 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 奶样质地与病原菌菌落形态 |
| 2.4.2 病原菌检测结果 |
| 2.4.3 病原菌理化性质 |
| 2.4.4 金葡菌的药敏检测结果 |
| 2.4.5 金葡菌16s和系统发育树 |
| 2.4.6 金葡菌Sau-XJ-21的半数致死量 |
| 2.4.7 金葡菌Sau-XJ-21的裂解性噬菌体形态 |
| 2.4.8 噬菌体的宿主谱范围 |
| 2.4.9 噬菌斑形态特征 |
| 2.4.10 噬菌体透射电镜形态 |
| 2.4.11 噬菌体最佳感染复数 |
| 2.4.12 噬菌体对氯仿的敏感性 |
| 2.4.13 噬菌体的温度稳定性 |
| 2.4.14 噬菌体的pH稳定性 |
| 2.4.15 噬菌体的一步生长曲线 |
| 2.4.16 噬菌体的体外抑菌效应 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 3 噬菌体vBSM-A1和vBSP-A2的全基因组测序与注释 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与设备 |
| 3.2.1 菌株与噬菌体 |
| 3.2.2 主要试剂 |
| 3.2.3 仪器设备 |
| 3.2.4 培养基和实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 噬菌体的纯化与浓缩 |
| 3.3.2 CsCl等密度梯度离心及回收 |
| 3.3.3 噬菌体基因组的提取 |
| 3.3.4 噬菌体的全基因组测序 |
| 3.3.5 噬菌体的全基因组分析和功能注释 |
| 3.3.6 噬菌体的主要功能基因比对与进化分析 |
| 3.3.7 噬菌体裂解酶蛋白结构分析 |
| 3.3.8 数据统计分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 噬菌体的基本生物学信息 |
| 3.4.2 噬菌体的基因分布 |
| 3.4.3 噬菌体的功能基因预测结果 |
| 3.4.4 噬菌体vBSM-A1的全基因蛋白图谱 |
| 3.4.5 噬菌体vBSP-A2的全基因蛋白图谱 |
| 3.4.6 噬菌体tRNA形态结构 |
| 3.4.7 噬菌体的分类学地位 |
| 3.4.8 裂解酶的跨膜区域和信号肽 |
| 3.4.9 裂解酶疏水性及理化性质 |
| 3.4.10 裂解酶二级结构 |
| 3.4.11 裂解酶三级结构 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 小结 |
| 4 噬菌体抑制金黄色葡萄球菌的效果研究及安全性分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料 |
| 4.2.1 仪器与设备 |
| 4.2.2 主要培养基及试剂 |
| 4.2.3 实验动物 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 实验菌株与噬菌体的培养纯化 |
| 4.3.2 小鼠乳腺炎模型的建立与评估 |
| 4.3.3 噬菌体cocktail治疗小鼠乳腺炎的分析 |
| 4.3.4 噬菌体安全性实验及转录组分析 |
| 4.3.5 数据统计与分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 小鼠乳腺炎模型的建立 |
| 4.4.2 噬菌体cocktail对小鼠乳腺炎的治疗结果 |
| 4.4.3 噬菌体cocktail治疗对小鼠肠道菌群的影响 |
| 4.4.4 噬菌体安全性检测及转录组分析结果 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 小结 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 噬菌体ORF在线预测结果 |
| 附录B 裂解酶的3D模型 |
| 附录C 噬菌体cocktail治疗小鼠的血常规结果 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（5）三种跳虫肠道菌群的多样性分析及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 跳虫的分类地位与生物学特征 |
| 1.2 跳虫肠道菌群研究现状 |
| 1.3 肠道菌群功能研究简述 |
| 1.3.1 肠道菌群对多糖类物质的降解 |
| 1.3.2 肠道菌群中毒力基因的检测 |
| 1.3.3 肠道菌群中的抗生素耐药性 |
| 1.4 肠道菌群的主要研究方法 |
| 1.4.1 分离培养与鉴定 |
| 1.4.2 16SrDNA扩增子测序 |
| 1.4.3 多位点序列分型 |
| 1.5 本课题研究目的与意义 |
| 1.6 本课题主要研究内容 |
| 1.7 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 主要仪器及试剂 |
| 2.2.1 主要仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 跳虫的实验室饲养与鉴定 |
| 2.3.2 跳虫的解剖与肠道内容物的收集 |
| 2.3.3 跳虫肠道菌群的16SrDNA扩增子测序 |
| 2.3.4 可培养跳虫肠道菌的分离与纯化培养 |
| 2.3.5 降解多糖细菌的筛选与产酶能力评估 |
| 2.3.6 气单胞菌的分子特征与药敏性检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 三种跳虫肠道菌群的测序分析 |
| 3.1.1 测序数据质量及OTUs分布 |
| 3.1.2 三种跳虫肠道菌群α和β多样性分析 |
| 3.1.3 三种跳虫肠道菌群的结构特点 |
| 3.1.4 三种跳虫肠道菌群基因的功能预测 |
| 3.2 可培养跳虫肠道菌中筛选的降解多糖细菌 |
| 3.2.1 筛选的产淀粉酶菌株及其产酶能力 |
| 3.2.2 筛选的产纤维素酶菌株及其产酶能力 |
| 3.2.3 筛选的产果胶酶菌株及其产酶能力 |
| 3.3 气单胞菌的分子特征与药敏性 |
| 3.3.1 气单胞菌的筛选与鉴定结果 |
| 3.3.2 气单胞菌的多位点序列分型分析 |
| 3.3.3 气单胞菌的毒力基因扩增结果 |
| 3.3.4 气单胞菌的药敏性检测结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 跳虫肠道菌群结构的相似性与差异性 |
| 4.2 跳虫肠道菌群与代谢及人类疾病的相关性 |
| 4.3 产酶能力较高可降解多糖细菌的应用潜力 |
| 4.4 新型豚鼠气单胞菌的毒力与药敏性 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（6）南京市某区细菌性腹泻现况调查及其影响因素研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 南京市某区细菌性腹泻的现况调查 |
| 1.1 研究目的 |
| 1.2 研究对象 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.5 结果 |
| 1.6 讨论 |
| 1.7 结论 |
| 第二章 南京市某区2018-2019 年食源性疾病暴发事件流行病学分析 |
| 2.1 研究目的 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 研究内容 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.5 结果 |
| 2.6 讨论 |
| 2.7 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 细菌性腹泻的研究现状 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附表 |
| 附表1 感染性腹泻、食源性疾病个案调查登记表 |
| 附表2 食源性疾病事件调查病例临床信息一览表 |
| 附录 感染性腹泻重要细菌性病原菌的诊断要点 |
（7）影响冀南地区肉鸡健雏率的细菌性因素分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 影响雏鸡质量的因素 |
| 1.1.1 种蛋的品质 |
| 1.1.1.1 种禽质量 |
| 1.1.1.2 种蛋的保存 |
| 1.1.1.3 蛋重和蛋形指数 |
| 1.1.1.4 蛋壳颜色和厚度 |
| 1.1.2 孵化条件 |
| 1.1.2.1 温度 |
| 1.1.2.2 相对湿度 |
| 1.1.2.3 通风换气 |
| 1.1.2.4 翻蛋与凉蛋 |
| 1.1.3 营养性因素 |
| 1.1.3.1 维生素缺乏造成的影响 |
| 1.1.3.2 微量元素缺乏造成的影响 |
| 1.1.3.3 氨基酸缺乏造成的影响 |
| 1.1.4 生物性因素 |
| 1.1.4.1 细菌性传染病 |
| 1.1.4.2 病毒性传染病 |
| 1.1.4.3 真菌性传染病 |
| 1.2 粪肠球菌耐药性分析 |
| 1.2.1 氨基糖苷类 |
| 1.2.2 大环内酯类 |
| 1.2.3 四环素类 |
| 1.2.4 氟喹诺酮类 |
| 1.2.5 β-内酰胺类 |
| 1.2.6 糖肽类 |
| 1.3 研究的目的和意义 |
| 第2章 肉雏鸡病原菌分离鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 仪器设备 |
| 2.1.2 试剂和耗材 |
| 2.1.3 病、弱肉雏鸡病原菌的分离鉴定 |
| 2.1.3.1 样品采集 |
| 2.1.3.2 病理学观察 |
| 2.1.3.3 培养基的制备 |
| 2.1.3.4 菌株的培养及纯化 |
| 2.1.3.5 菌株形态学鉴定 |
| 2.1.3.6 菌株DNA的提取 |
| 2.1.3.7 通用引物的合成 |
| 2.1.3.8 菌株的PCR扩增 |
| 2.1.3.9 菌株的序列测定及分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 病、弱肉雏鸡的病理组织学观察 |
| 2.2.2 分离菌株的PCR扩增 |
| 2.2.3 分离菌株的鉴定 |
| 2.2.3.1 疑似大肠杆菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.2 疑似粪肠球菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.3 疑似志贺氏菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.4 疑似阴沟肠杆菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.5 疑似肺炎克雷伯菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.6 疑似奇异变形杆菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.7 疑似假单孢菌属的分离鉴定 |
| 2.2.3.8 疑似不动杆菌属的分离鉴定 |
| 2.2.3.9 疑似库克氏菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.10 疑似肠道沙门氏菌的分离鉴定 |
| 2.2.3.11 疑似纳西杆菌的分离鉴定 |
| 2.2.4 分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 粪肠球菌耐药性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 仪器设备 |
| 3.1.2 试剂和耗材 |
| 3.1.3 菌株来源 |
| 3.1.4 粪肠球菌生长曲线测定 |
| 3.1.5 粪肠球菌标准曲线测定 |
| 3.1.6 K-B纸片法药敏试验 |
| 3.1.7 最小抑制浓度(MIC)测定 |
| 3.1.7.1 抗菌药液的制备 |
| 3.1.7.2 菌液的制备 |
| 3.1.7.3 肉汤微量稀释法操作步骤 |
| 3.1.8 粪肠球菌耐药基因检测 |
| 3.1.8.1 耐药基因引物设计 |
| 3.1.8.2 DNA模板的制备 |
| 3.1.8.3 基因的PCR扩增及凝胶电泳检测 |
| 3.1.8.4 扩增产物序列测定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 生长曲线 |
| 3.2.2 标准曲线 |
| 3.2.3 K-B纸片法药敏试验结果 |
| 3.2.4 MIC结果 |
| 3.2.5 耐药基因检测 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 对氨基糖苷类耐药作用 |
| 3.3.2 对四环素类耐药作用 |
| 3.3.3 对大环内酯类耐药作用 |
| 3.3.4 对β-内酰胺类耐药作用 |
| 3.3.5 对氟喹诺酮类耐药作用 |
| 3.3.6 对林可胺类耐药作用 |
| 3.3.7 对糖肽类耐药作用 |
| 3.4 小结 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 参加科研情况 |
（8）绝经泌尿生殖综合征与阴道微生态研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 绪论 |
| 第一部分 绝经泌尿生殖综合征的流行病学调查 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.2.1 调查量表 |
| 1.2.2 调查方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 研究对象的纳入 |
| 2.2 研究对象的一般人口学特征 |
| 2.3 绝经泌尿生殖综合征的患病率及特点 |
| 2.4 绝经泌尿生殖综合征影响因素分析 |
| 2.4.1 绝经泌尿生殖综合征的单因素分析 |
| 2.4.2 绝经泌尿生殖综合征的多因素回归分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 绝经泌尿生殖综合征的患病率及特点 |
| 3.2 绝经泌尿生殖综合征影响因素分析 |
| 4 研究的意义与局限性 |
| 5 小结 |
| 第二部分 基于高通量测序的绝经女性阴道微生态研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究主要试剂及耗材 |
| 1.2 研究主要仪器设备 |
| 1.3 研究对象 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.4.1 调查方法与调查内容 |
| 1.4.2 样本采集及阴道健康评分 |
| 1.4.3 细菌总DNA提取与检测 |
| 1.4.4 16 S rRNA基因V3-V4区PCR扩增 |
| 1.4.5 PCR产物琼脂糖凝胶电泳及回收纯化 |
| 1.4.6 Illumina MiSeq文库构建 |
| 1.4.7 Illumina MiSeq测序 |
| 1.5 生物信息学分析与统计学分析 |
| 1.5.1 测序数据处理 |
| 1.5.2 OTU聚类与物种注释 |
| 1.5.3 Alpha多样性分析 |
| 1.5.4 Beta多样性分析 |
| 1.5.5 物种组成分析 |
| 1.5.6 多级物种差异判别分析(LEfSe) |
| 1.5.7 16 S功能预测分析 |
| 1.5.8 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 研究对象的纳入 |
| 2.2 研究对象的一般人口学特征 |
| 2.3 测序数据处理、OTU聚类与物种注释 |
| 2.4 阴道微生物Alpha多样性分析 |
| 2.4.1 Alpha多样性指数 |
| 2.4.2 稀释曲线 |
| 2.4.3 Rank-Abundance曲线 |
| 2.5 阴道微生物Beta多样性分析 |
| 2.6 阴道微生物物种组成分析 |
| 2.6.1 群落类型结构 |
| 2.6.2 不同绝经状态阴道微生物的群落类型分布 |
| 2.6.3 阴道健康评分与群落类型 |
| 2.7 多级物种差异判别分析(LEfSe) |
| 2.8 16 S功能预测分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 围绝经期与绝经后期女性阴道微生物的物种组成 |
| 3.2 围绝经期与绝经后期女性的阴道标志微生物 |
| 3.3 围绝经期与绝经后期女性阴道微生物的功能预测分析 |
| 4 本研究的意义与局限性 |
| 5 小结 |
| 第三部分 替勃龙对阴道微生态及绝经泌尿生殖综合征影响的研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究主要试剂及耗材、主要仪器设备 |
| 1.2 研究对象 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 调查方法与调查内容 |
| 1.3.2 其余步骤 |
| 1.4 生物信息学分析与统计学分析 |
| 1.4.1 测序数据处理 |
| 1.4.2 OTU聚类与物种注释 |
| 1.4.3 Alpha多样性分析 |
| 1.4.4 Beta多样性分析 |
| 1.4.5 物种组成分析 |
| 1.4.6 菌群分型分析 |
| 1.4.7 GSM症状与阴道微生物的相关性分析 |
| 1.4.8 多级物种差异判别分析(LEfSe) |
| 1.4.9 16 S功能预测分析 |
| 1.4.10 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 研究对象的纳入 |
| 2.2 研究对象的一般人口学特征 |
| 2.3 测序数据处理、OTU聚类与物种注释 |
| 2.4 阴道微生物Alpha多样性分析 |
| 2.4.1 Alpha多样性指数 |
| 2.4.2 稀释曲线 |
| 2.4.3 Rank-Abundance曲线 |
| 2.5 阴道微生物Beta多样性分析 |
| 2.6 阴道微生物物种组成分析 |
| 2.6.1 群落组成分析 |
| 2.6.2 物种Venn图分析 |
| 2.6.3 菌群分型分析 |
| 2.7 GSM与阴道微生物的相关性分析 |
| 2.7.1 对照组与替勃龙组GSM相关症状的比较 |
| 2.7.2 GSM相关症状与阴道微生物的相关性分析 |
| 2.8 替勃龙对阴道标志微生物的影响LEfSe |
| 2.9 16 S功能预测分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 阴道微生物的物种组成及与GSM的相关性分析 |
| 3.2 替勃龙对阴道标志微生物的影响 |
| 3.3 替勃龙对阴道微生物功能的影响 |
| 4 本研究的意义与局限性 |
| 5 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 英文缩略词表 |
| 附表2 绝经泌尿生殖综合征调查量表 |
| 附表3 阴道健康评分 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 |
（9）淡水虾养殖环境中生物污染物的分布特征及其关联性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 环境中生物污染物的多样性与分布特征 |
| 1.1.2 耐药基因的研究进展 |
| 1.1.3 不同环境中人类致病菌的研究进展 |
| 1.1.4 环境中生物污染物的检测方法 |
| 1.1.5 水产养殖环境中生物污染物的潜在健康风险 |
| 1.2 研究内容与研究意义 |
| 1.2.1 研究内容 |
| 1.2.2 研究意义 |
| 1.3 研究思路与技术路线 |
| 1.3.1 研究思路 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 第二章 青虾肠道及其养殖环境中微生物群落结构解析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 样品采集和水质指标测定 |
| 2.2.2 样品DNA的提取 |
| 2.2.3 16S rRNA扩增子测序 |
| 2.2.4 测序数据的前处理及生物信息学分析 |
| 2.2.5 统计学分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 青虾肠道及其养殖环境中菌群的多样性和丰度 |
| 2.3.2 青虾肠道及其养殖环境中主要的微生物 |
| 2.3.3 青虾肠道微生物群落结构和环境因子的相关性 |
| 2.4 结论 |
| 第三章 青虾肠道及其养殖环境中耐药基因分布特征研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集和化学指标测定 |
| 3.2.2 样品DNA的提取 |
| 3.2.3 16S rRNA扩增子测序及数据分析 |
| 3.2.4 Illumina HiSeq测序及数据前处理 |
| 3.2.5 宏基因组测序数据的生物信息学分析 |
| 3.2.6 统计学分析 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 养殖水环境中典型抗生素丰度 |
| 3.3.2 青虾肠道及其养殖环境中耐药基因与基因库相似度比较 |
| 3.3.3 青虾肠道及其养殖环境中耐药基因的丰度及多样性 |
| 3.3.4 青虾肠道、养殖水和底泥中共同和独有的耐药基因 |
| 3.3.5 耐药基因与微生物群落结构、可移动遗传原件的关联性 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 青虾养殖环境中潜在致病菌的丰度及耐药性分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.2.1 样品采集 |
| 4.2.2 样品DNA的提取 |
| 4.2.3 16S rRNA扩增子测序 |
| 4.2.4 测序数据的前处理及生物信息学分析 |
| 4.2.5 人类致病菌16S rRNA对应基因库的建立及数据比对 |
| 4.2.6 统计学分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 青虾肠道及其养殖环境中潜在致病菌的丰度及多样性 |
| 4.3.2 潜在致病菌在养殖水/底泥/青虾肠道的分布特征 |
| 4.3.3 潜在致病菌与环境因子的相关性 |
| 4.3.4 潜在致病菌与耐药基因的同现性 |
| 4.3.5 青虾养殖环境中致病菌及其耐药性的潜在健康风险 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 创新点 |
| 项目支持 |
| 攻读硕士学位期间的主要成果 |
| 致谢 |
（10）海南后水湾深水网箱养殖区微生物多样性及其养殖卵形鲳鲹“烂身病”研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 国内外深水网箱养殖发展概况 |
| 1.1 国外深水网箱养殖发展概况 |
| 1.2 国内深水网箱养殖发展概况 |
| 1.3 海南省深水网箱养殖存在的主要问题 |
| 2 深水网箱养殖区微生物多样性研究概况 |
| 2.1 养殖区微生物分布情况 |
| 2.2 养殖区微生物研究方法 |
| 2.2.1 常规培养法 |
| 2.2.2 显微镜观察法 |
| 2.2.3 分子生物学技术 |
| 2.3.4 基于宏基因组学(Metagenomics) 16S rRNA基因测序法 |
| 3. 海南深水网箱养殖卵形鲳鳞及其主要病害研究概况 |
| 3.1 卵形鲳鲹养殖概况 |
| 3.2 卵形鲳鲹主要疾病及其研究概况 |
| 3.2.1 养殖卵形鲳鲹的主要疾病 |
| 3.2.2 卵形鲳鲹细菌病原的检测方法 |
| 4 测序技术的发展 |
| 5 本文研究目的与意义 |
| 第二章 基于宏基因组学16S rRNA基因测序的海南后水湾深水网箱养殖区微生物多样性研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 样品采集 |
| 2.2 水质检测 |
| 2.3 样品预处理及DNA提取 |
| 2.4 PCR扩增和高通量测序 |
| 2.5 测序数据处理 |
| 2.6 多样性和群落结构分析 |
| 2.7 稀释性曲线分析 |
| 2.8 多维度分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 深水网箱养殖区水质情况 |
| 3.2 深水网箱养殖区微生物群落多样性 |
| 3.3 深水网箱养殖区微生物群落组成 |
| 3.3.1 水体中微生物群落组成 |
| 3.3.2 卵形鲳鲹肝脏组织微生物多样性分析 |
| 3.4 细菌群落的NMDS分析 |
| 3.5 深水网箱养殖区微生物多样性与水质参数关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 细菌群落多样性与丰富度变化 |
| 4.2 细菌群落组成 |
| 4.3 弧菌与鱼类疾病的关系 |
| 4.4 细菌群落组成与环境因子关系 |
| 5 小节 |
| 第三章 海南深水网箱养殖卵形鲳鲹“烂身病”病原分离、鉴定及药敏分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验鱼类 |
| 2.2 菌株和培养基 |
| 2.3 病原菌的分离与半致死浓度(LD_(50))测定 |
| 2.4 病原菌形态学观察和生理生化特征 |
| 2.5 16S rRNA基因序列测定及系统发育分析 |
| 2.6 分离菌株药敏特征检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 病原菌分离与人工感染 |
| 3.2 菌落形态及生理生化特征 |
| 3.3 16S rRNA系统树分析 |
| 3.4 药敏特征 |
| 4 讨论分析 |
| 5 小结 |
| 第四章 哈维氏弧菌菌株QT520全基因组测序及比较基因组分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 病原菌分离 |
| 2.2 哈维氏弧菌基因组DNA提取及质控 |
| 2.2.1 细菌总DNA提取 |
| 2.2.2 质控 |
| 2.3 质检分析 |
| 2.4 文库构建及测序 |
| 2.4.1 二代测序文库构建及测序 |
| 2.4.2 三代测序文库构建及测序 |
| 2.5 全基因组拼接及注释 |
| 2.5.1 拼接流程 |
| 2.5.2 测序质量评估及质控 |
| 2.5.3 基因组拼接 |
| 2.6 基因预测及功能分析 |
| 2.6.1 基因预测 |
| 2.6.2 基因的功能分析 |
| 2.7 哈维氏弧菌QT520毒力相关基因分析 |
| 2.7.1 基因岛 |
| 2.7.2 前噬菌体 |
| 2.7.3 毒力因子 |
| 2.7.4 耐药基因 |
| 2.8 系统进化树分析 |
| 2.9 比较基因组分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 哈维氏弧菌基因组DNA提取及质控 |
| 3.2 质检分析 |
| 3.3 测序结果统计分析 |
| 3.3.1 测序原始数据统计 |
| 3.3.2 基因组序列信息统计 |
| 3.4 基因预测及功能分类 |
| 3.5 毒力相关基因分析 |
| 3.5.1 基因岛 |
| 3.5.2 前噬菌体 |
| 3.5.3 毒力因子 |
| 3.5.4 耐药基因 |
| 3.6 系统进化树分析 |
| 3.7 比较基因组分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第五章 基于RT-LAM P法的哈维氏弧菌快速检测方法建立 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细菌培养和基因组DNA的制备 |
| 2.2.2 引物的设计 |
| 2.2.3 RT-LAMP反应体系的建立 |
| 2.2.4 筛选引物实验 |
| 2.2.5 特异性实验 |
| 2.2.6 灵敏度实验 |
| 2.2.7 实际样品中哈维氏弧菌RT-LAMP检测实验 |
| 3 结果 |
| 3.1 筛选引物实验 |
| 3.2 特异性实验 |
| 3.3 灵敏度实验 |
| 3.3.1 哈维氏弧菌DNA灵敏度检测 |
| 3.3.2 哈维氏弧菌菌液灵敏度 |
| 3.4 样品检测 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 结论 |
| 主要创新点 |
| 参考文献 |
| 博士期间主要成果 |
| 致谢 |
四、90例志贺氏菌属感染者病原菌分类及药敏分析（论文参考文献）
- [1]多黏菌素耐药基因mcr-1的流行病学调查及不同药敏试验的方法学比较[D]. 刘智慧. 福建医科大学, 2021(02)
- [2]吴忠地区奶牛乳房炎流行病学调查及干奶期乳头封闭剂应用研究[D]. 钱军. 宁夏大学, 2021
- [3]广西肉牛新发再发疫病的诊断和病原分析[D]. 李常挺. 广西大学, 2020
- [4]金葡菌噬菌体的筛选及对小鼠乳腺炎的抑制作用与机理研究[D]. 耿慧君. 大连理工大学, 2020(01)
- [5]三种跳虫肠道菌群的多样性分析及其功能研究[D]. 陈伟. 东北农业大学, 2020(04)
- [6]南京市某区细菌性腹泻现况调查及其影响因素研究[D]. 王素侠. 东南大学, 2020(01)
- [7]影响冀南地区肉鸡健雏率的细菌性因素分析[D]. 杨子龙. 河北工程大学, 2019(02)
- [8]绝经泌尿生殖综合征与阴道微生态研究[D]. 耿露露. 上海交通大学, 2019(06)
- [9]淡水虾养殖环境中生物污染物的分布特征及其关联性研究[D]. 赵艳婷. 南京大学, 2018(01)
- [10]海南后水湾深水网箱养殖区微生物多样性及其养殖卵形鲳鲹“烂身病”研究[D]. 涂志刚. 海南大学, 2017(12)